Nach der Reformation hatten sich 1895, durch die Industrialisierung wieder so viele Katholiken in Alfeld angesiedelt, das wieder eine Pfarrei gegründet wurde. Im Jahre 1902 wurde die Pfarrkirche “Zum Hl. Herzen Mariä” erbaut. Mit dem Strom der Heimatvertriebenen und Flüchtlinge gelangten bis 1947 ca. 1000 katholische Christen nach Alfeld. In den 17 Dörfern, die St.  Marien angeschlossen waren, erhöhte sich der prozentuale Anteil der Katholiken um 90%. Die Abwanderung von Flüchtlingsfamilien blieb aus, da in Alfeld genügend Arbeitsplätze zur Verfügung standen. Kirchlich wurde St. Marien 1958 Mittelpunkt des neugebildeten Doppeldekanates Alfeld-Gronau. Die Stadtgemeinde wurde als kirchliches, wirtschaftliches und kulturelles Zentrum in der Bistumsorganisation hervorgehoben.
Für die Pfarrgemeinde wurde im Jahre 1969 der Neubau eines Gotteshauses notwendig, da die alte Kirche auf dem weichen Mergelboden abgesackt war und damit baufällig war. Die alte Kirche wurde abgerissen und an ihrer Stelle 1971 ein neues Gotteshaus mit Gemeindezentrum (Pfarrheim) eingeweiht. Im Dezember 2002 wurde das bisherige katholische Dekanat Alfeld-Gronau mit
dem Stiftsdekanat Bockenem-Detfurth zusammengelegt. Es entstand das neue Dekanat Alfeld-Detfurth. Im Oktober 2006 bekam die Kirche ihren langersehnten Glockenturm, der bei
dem Neubau der Kirche 1971 mit geplant, aber nicht realisiert wurde. Mit dem Turm konnte die Glocke, die seit über 35 Jahre schweigend im Innenhof stand, wieder zum Gottesdienst rufen.
Zum 31. Oktober 2006 wurde die bisherige Pfarrei St. Marien Alfeld aufgelöst. Am 01. November 2006 wurde eine neue Pfarrgemeinde St. Marien Alfeld / Leine gegründet, zu der die bis dahin selbstständigen vier Pfarrgemeinden Alfeld (St. Marien), Delligsen (St. Joseph), Duingen (Guter
Hirt) und Winzenburg (Mariä Geburt mit St. Bernward Everode) gehören. Somit umfasst die katholische Pfarrgemeinde St. Marien Alfeld die politischen Gemeinden Alfeld, Delligsen, Duingen und Freden."